为防止滴头堵塞，要选用溶解性好的肥料，如尿素、磷酸二氢钾等。施用复合肥时，尽量选择完全速溶性的专用肥料。确需施用不能完全溶解的肥料时，必须先将肥料在盆或桶等容器内溶解，待其沉淀后，将上部溶液倒入施肥罐进入滴灌系统，剩余残渣施入土中。
一般将有机肥和磷肥作基肥使用。因为有的磷肥，如过磷酸钙只是部分溶解，残渣易堵塞喷头。氨水中的氨易挥发，而且要改变水的酸碱性，易引起水中的钙、镁沉淀。
要选择对灌溉系统腐蚀性小的肥料。如硫酸铵、硝酸铵对镀锌铁的腐蚀严重，而对不锈钢基本无腐蚀；磷酸对不锈钢有轻度的腐蚀；尿素对铝板、不锈钢、铜无腐蚀，对镀锌铁有轻度的腐蚀。